Scrubs nous fait découvrir l'hôpital à travers les yeux de John Dorian, alias « JD » (surnommé Bizut ou Bambi), jeune médecin récemment diplômé au début de la série, tout comme son colocataire, le chirurgien Chris Turk. Ils sont accompagnés dans leurs premiers pas par leurs collègues Elliot Reid, jeune femme brillante mais névrosée, et par Carla Espinosa, infirmière au caractère bien trempé qui ne laisse pas Turk indifférent.
JD se trouve rapidement un mentor en la personne du Dr Perry Cox, dont la mauvaise humeur perpétuelle et l'addiction au travail dissimulent l'incapacité à gérer sa vie personnelle ; celui-ci est le principal rempart des patients et des internes contre le cynisme du directeur du Sacré-C½ur (Sacred Heart), le mielleux et tyrannique Dr Robert (Bob) Kelso.
JD se trouve rapidement un mentor en la personne du Dr Perry Cox, dont la mauvaise humeur perpétuelle et l'addiction au travail dissimulent l'incapacité à gérer sa vie personnelle ; celui-ci est le principal rempart des patients et des internes contre le cynisme du directeur du Sacré-C½ur (Sacred Heart), le mielleux et tyrannique Dr Robert (Bob) Kelso.